Dal 1993 lo Stormo, è stato impegnato per il Combat SAR in Somalia, Bosnia, Albania, Kosovo ed Iraq.
Dal 6 ottobre 1997, con la costituzione della 9a Brigata Aerea, il Comando del 15° Stormo è stato trasferito, con l’81° Centro e l’85° Gruppo, dall’Aeroporto di Ciampino a quello di Pratica di Mare.
Nel 2008 alla Bandiera di Guerra dello Stormo è stata concessa la Medaglia d’oro al Valor Aeronautico per le operazioni svolte nel 2003 in Iraq.
Il 5 Ottobre 2010 il Comando del 15° Stormo è stato trasferito, con l’81° Centro e la 615° Squadriglia Collegamenti, dall’aeroporto di Pratica di Mare a quello di Cervia. Contestualmente vi è lo scioglimento dell’83° Centro CSAR di Rimini che verrà ricostituito in 83° Gruppo CSAR presso l’aeroporto di Cervia. L’85° Gruppo cambierà denominazione in 85° Centro CSAR.
Il 10 settembre 2012 l'84° CSAR ha lasciato Brindisi per trasferirsi sulla base di Gioia del Colle (BA). Nel settembre 2014 viene definitivamente radiato l’HH-3F. A partire dal mese di Gennaio 2012 lo Stormo ricevette i primi HH-139A divenuti pienamente operativi dal Marzo 2013. Il 1° Novembre 2013 la 670^ Squadriglia Collegamento e Soccorso di Decimomannu viene inglobata nel neo costituito 80° Centro CSAR del 15° Stormo divenendo il 6° Centro alle dipendenze dello Stormo. Il 22 Settembre 2014 il 15° Stormo è passato dalla dipendenza diretta del CFSS alla dipendenza della neo costituita 1^ Brigata Aerea Operazioni Speciali (a sua volta dipendente dal CFSS) trasferitasi sul sedime di Cervia.
L’8 luglio 2015 viene consegnato il primo HH-101A “Caesar”.
Il 5 aprile 2016 è stata conferita la Medaglia d’Argento al Valore Aeronautico alla Bandiera per gli interventi su Olbia novembre2013, Modena gennaio 2014, Mare Adriatico dicembre 2014.
Il 15° Stormo garantisce con i suoi Centri in tutta Italia, 24 ore su 24, 365 giorni l'anno, la ricerca ed il soccorso degli equipaggi di volo in difficoltà, concorrendo, inoltre, ad attività di pubblica utilità quali la ricerca di dispersi in mare o in montagna, il trasporto sanitario d'urgenza di ammalati in pericolo di vita ed il soccorso di traumatizzati gravi. Dalla sua costituzione ad oggi, gli equipaggi del 15° Stormo hanno salvato oltre 7.200 persone in pericolo di vita.
Tra i maggiori interventi si annoverano quelli per il terremoto dell’Irpinia (1980), le alluvioni di Sarno e Quindici (1998) e del Piemonte (2000), lo S.M.I. per il G8 del 2001, il terremoto in Abruzzo (2009), i naufragi della Costa Concordia (2012) ed il soccorso alla Norman Atlantic (2014).
