La struttura organizzativa, che ha visto la luce il 1° marzo 1999 con la costituzione inziale di quattro Alti Comandi (c.d. Comandi di Vertice), è attualmente formata da: il Comando della Squadra Aerea, il Comando Logistico ed il Comando Scuole dell’A.M. cui sono state assegnate rispettivamente la funzione 'addestrativa/operativa', quella 'logistica' e quella 'formativa' (il Comando Operativo delle Forze Aeree è stato riconfigurato l'8 luglio 2010 come Comando Operazioni Aeree alle dirette dipendenze del Comando Squadra Aerea). Ad esse si è aggiunta in maniera autonoma e peculiare la funzione territoriale che è stata attestata , con il decreto legislativo 28 novembre 2005, n. 253, ai due Comandi di Regione Aerea transitati perciò alle dirette dipendenze dal Capo di Stato Maggiore dell’A.M.